2023年度 PAGS・DDBJ合同 中級者情報解析講習会のご案内

「先進ゲノム支援」では支援活動の一環として情報解析講習会を開催しています。今年度第 2回目となる今回は、中級者向けです。プログラミング言語「Python」を用いた塩基配列データの扱いや多変量解析等のプログラミング実習を中心に、以下の要領で開催いたします。
本講習会は、先進ゲノム支援 (PAGS)、生命情報・ DDBJセンター (DDBJ)が合同で 開催いたします。

■詳細：https://www.genome-sci.jp/whatsnew/event/news20240115.html

■日 時：
1日目：2024年2月13日（火）12：10～18：00
2日目：2024年2月14日（水）9：20～18：00

■会場： Zoomウェビナー ※現地開催はございません。

■講習内容：
プログラミング言語「Python」を用いた塩基配列データの扱いや多変量解析等のプログラミング 実習を中心に実施。

■想定
スキルレベル： 情報解析中級者

■定員：200名
•これから自分で実践的にバイオインフォマティクス 関連のプログラミングをしようと考えている方。
•基本的なLinuxコマンドやPython言語の知識を身につけていることを前提 とします。
•応募者多数の場合は、先進ゲノム支援における支援依頼者を優先 します。
•各自のPCをご 用意ください（memory 8GB以上、空きHDD容量 30GB以上あれば、Windows10/11、Mac、Linuxいずれも可）。
•講習ではJupyter notebookを用いてPythonの講習を行 います。
•事前に必要なソフトウェア (Pythonのモジュール) を各自のPCにインストールしていただく必要があります。

■参加費用：無料

■受講者が 講習当日までに準備すべき項目
（インストール が必要なPythonモジュールについては 後日別途アナウンスいたします）：
•Win/Mac/Linux共にPython3.9以上で環境を構築して動作させることを推奨します。ただし3.12は動作しないプログラム があるので避 けてください。
•Linuxコマンドに自信がない方は今年度のPAGS・DDBJ合同初級者情報解析講習会のLinuxコマンドの資料 (https://github.com/genome-sci/basic_course_2023/tree/main/1)を読んでおいてください。なお、中級者情報解
析講習会では遺伝研スーパーコンピュータは使用しません。
• Pythonプログラミングの経験が無い方は下記のような入門書やweb サイトを読み、if、for、while 文等の制御構文、変数やリスト、モジュールのインポート方法をある程度理解しておいてください。
書籍の例: 「やさしいPython」 高橋麻奈著 SB Creative, 2018
Web サイトの例: Python プログラミング入門  https://utokyo-ipp.github.io/
• 2018 年、2019 年に行った中級者講習会の内容は「独習 Python バイオ情報解析」
https://www.yodosha.co.jp/yodobook/book/9784758122498/ として2021年に書籍化しております。今回の講習会の特に初日の内容は本書籍の内容と大きく被っておりますので、Python プログラミングに自信が無い方は講習会当日までに本書籍の内容を大まかに予習しておくとより効果的です。

■講習会スケジュール（予定）：
【2 月13 日：1 日目】
12：10～12：20 講習会説明
12：20～13：50 文字列処理、ファイルの読み書き、正規表現
14：00～15：30 Jupyter notebook、Biopython を用いた処理
15：40～16：10 Numpy
16：10～17：00 表形式ファイルの処理（Pandas）
17：00～18：00 質疑応答

【2 月14 日：2 日目】
9：20～10：50 視覚化 (matplotlib, seaborn)
11：00～12：30 統計的仮説検定
12：30～13：20 昼食休憩
13：20～14：50 Python を用いたシングルセルRNA-seq 解析（基礎）
15：00～17：00 Python を用いたシングルセルRNA-seq 解析（発展）
17：00～18：00 質疑応答

■申し込み〆切：2024 年2 月2 日(金)

■申し込み方法：参加を希望される方は、下記リンクより申込フォームに入力のうえ送信してください。
https://docs.google.com/forms/d/13r6bzLsxl14HbYyfWlTMtJBNtfht5SjVJnhxZncYrW0

先進ゲノム支援事務局